מכון גרטנר הינו מסגרת מחקרית לאומית לחקר אפידמיולוגיה ומדיניות בריאות בישראל, ומטרתו לסייע למערכת הבריאות ולמשרד הבריאות בקביעת מדיניות בריאות מושכלת ובפיתוחה. המכון הוקם בשנת 1991 ע"י פרופ' מרדכי שני, במטרה לקדם מחקר אפידמיולוגי נרחב בתחום המחלות הכרוניות המרכזיות, וכן לסייע בגיבוש מדיניות לאומית לשרותי הבריאות. בראש המכון עומד פרופ' מ. שני, המשמש כיו"ר הועד המנהל של המכון.

בבנין המכון שוכנים גם המרכז הישראלי לבקרת מחלות (מלב"מ) בניהולו של פרופ' מנפרד גרין, והמכון הלאומי לחקר שירותי בריאות (מלמ"ב) שבראש הוועד המנהל שלו עומד פרופ' שלמה מור-יוסף, כך שמצוי בו מאגר החוקרים המרכזי בנושא שרותי הבריאות בישראל.